贯彻中央关于开展高校后勤社会化改革的精神，复旦大学成立后勤社会化改革工作小组，2002年注册成立具备独立法人资格的上海复旦后勤服务发展有限公司。

复旦大学和上海医科大学合并办学，组建成为新的复旦大学后，统一邯郸校区与枫林校区后勤管理模式。

按照《关于校区管理体制改革的若干意见》中“条块结合、以块为主，纵向到底、横向到边”的基本方针，总务处职能从原有邯郸、枫林校区延伸到张江、江湾校区，实现四个校区的业务全覆盖。

按照《复旦大学关于深化后勤体制改革的若干意见》，明确总务处作为学校后勤服务保障工作管理职能部门，纳入机关考核范畴。2015年正式施行《复旦大学公共物业和基本物业管理办法》《复旦大学能源和水资源管理办法》《复旦大学用能定额指标实施办法》。

学校贯彻落实《高等学校所属企业体制改革的指导意见》，启动后勤公司“脱钩剥离”。在总务处成立后勤服务中心，做好原后勤公司安置接收人员日常管理，加强校园后勤服务一线监管力量，协助做好后勤退休职工关心和管理服务工作。